В числе святынь обители – старинные списки икон Божией Матери «Милующая», «Августовская», «Скоропослушница», «Сухо-Калигорская». Неотъемлемой частью жизни монастыря в старину было почитание находящихся в нем мощей подвижника, известного как свт. Михаил Греческий. Нежинское предание гласило, что этот архиерей приехал с Балкан, преставился в Нежине от болезни в 1721 г. и был погребен в Благовещенском храме обители. Иноки и горожане не раз убеждались в нетлении тела свт. Михаила, почивавшего в склепе у южной стены храма (несмотря на высокую влажность склепа). По распоряжению архимандрита Виктора (Черняева) в 1816 г. лик подвижника был изображен на стене над склепом, с подписью: «Сего святителя Михаила зде почивают нетленные мощи. Скончался в 1721 году». По официальному свидетельству одного из иноков, однажды, когда келейник о. Виктора монах Спиридон втайне от настоятеля отделил часть риз свт. Михаила в надежде «чрез них подавать помощь в болезнях», – подвижник трижды явился во сне о. Спиридону и повелел возвратить облачение, после чего келейник признался во всем архимандриту и исполнил повеление. Из-за скудости сведений о свт. Михаиле верующие не могли молитвенно обращаться к нему как официально канонизированному святому («моли Бога о нас»), но, усматривая в нетлении его мощей знак благодати Божией, в XIX в. почти еженедельно заказывали служение панихид над гробом подвижника. На стене у лика свт. Михаила оставляли привески – в знак благодарности за услышанные молитвы. Кроме того, в его честь были составлены тропарь и кондак, напечатанные в описаниях монастыря. В 1943 г. представители прихода греческой Свято-Михайловской церкви, видя, что нацисты установили над склепом бочки с гашеной известью, тайно перенесли в свой храм часть мощей, оставшуюся после поругания Благовещенского собора в 1930-х гг. Дальнейшая судьба святыни пока неизвестна.